Ja, Spybot-S&D heeft volledige ondersteuning voor PE in het algemeen en PEBuilder. U kan de nodige plugin hier downloaden, of uitvoeren vanop uw harde schijf na opstarten van een PE disk.

Eens opgestart van uw bootable PE CD, zal Spybot-S&D automatisch het volledige register en drives die het kan vinden scannen (Indien u deze toepassing wil zonder PE lees dan deze FAQ).