Il motivo per cui TeaTimer chiede l'intervento dell'utente è perchè ha necessità di confermare ogni simile modifica al registro, indipendentemente dal fatto che sia buona o cattiva. Esistono così tante chiavi di registro che risulta impossibile classificarle in modo predefinito. Pertanto l'utente deve decidere se ne accetta le modifiche o meno. La prima volta che si avvia, TeaTimer crea dei file che fotografano la situazione, quindi confronta con essi il registro attuale.

Se si desidera crearne di nuovi, chiudere TeaTimer tramite l'icona Resident nella barra di sistema, quindi riavviarlo manualmente dalla cartella di programma di Spybot S&D. Attualmente non vi è possibilità di nascondere i messaggi di popup che ricordano le chiavi di registro bloccate. Come palliativo si possono creare nuovi file delle istantanee di sistema.