Se si rimuove una spia, l'applicazione che l'ha installata potrebbe accorgersene e rifiutarsi di continuare a lavorare. Spybot-S&D è in grado di sostituire alcune spie con oggetti innocui, ma ove ciò non sia possibile, si consiglia o di cercare una buona alternativa al programma senza spy- o ad-ware oppure di utilizzare la funzione di ripristino in Spybot-S&D per rimettere la spia al suo posto. In quest'ultimo caso, effettuare l'operazione passo per passo, per trovare solo i file assolutamente necessari alla spia, e per lo meno rimuovere dal sistema alcuni dei suoi file, come i dati personali salvati.