Se si rimuove una spia, l'applicazione che l'ha installata potrebbe non funzionare più. Spybot-S&D è in grado di sostituire alcune spie con oggetti innocui, ma talvolta ciò non risulta possibile. Nella fattispecie si consiglia o di cercare una buona alternativa al programma senza spy- o ad-ware oppure di utilizzare la funzione Ripristina in Spybot-S&D per rimettere la spia al suo posto. In quest'ultimo caso, effettuare l'operazione passo per passo, per trovare solo i file assolutamente necessari alla spia. Per lo meno, alcuni dei suoi file, come i dati personali salvati, verranno rimossi dal sistema.